日本国内の宿泊予約は様々な旅行代理店がオンラインで予約できるシステムを整えているのでまずはそれを利用するのが便利です。
ただし、旅行代理店も商売なので仲介手数料を取ります。小さな規模だったり、こだわりの宿はむしろ地域の観光協会などからの紹介や口コミ、自社の手作りHPで集客している例もあり、旅の目的や好みで電話予約とオンライン予約を使い分けたいところ。
最近ではオンライン専門の旅行代理店が増えたことで、小さな宿もオンラインで予約できるようになってきましたけどね。

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ホテルトラベルドットコム
Hotel travel.com 海外は結構マニアックな地域を押さえてます。
近年外国人観光客の増加で日本の都市部のホテルはなかなか取れないという現象が起きていますが、最後の頼みの綱でこちらのサイトでギリギリ空室を見つけたこともある。
ホテルの公式サイトでもなかったため、ワラをもすがる気持ちでした。
Booking.com オランダのアムステルダムに拠点を置くホテルクーポンサイト。7万の行き先、62万軒の宿泊施設が登録されています。 安宿から高級ホテルまで幅広いです。