数十年前の海外旅行と違い、近年は日本人も航空券だけを国内で手配し、その他は現地で自分で手配することが増えてきました。 東南アジアでもタイは日本人が経営している旅行代理店の数が多く、情報収集に事欠きませんが、 インドネシアはとにかく国が広いのである一定の地域(ジャワ島、バリ島、ロンボク島)以外の場所へ旅をしようとすると、情報収集に結構時間がかかります。
旅立つ前に調べた情報をまとめました。英語のサイトもありますが旅の計画の参考にどうぞ。

ホテル手配専門、ツアーなども扱う旅行代理店、移動手段手配などで分類しました。
日本人のインドネシア旅行はバリが中心なのでバリを扱う代理店は充実していますが、
それ以外への旅の情報は英語で探すことが多いです。
管理人が使ったことがある代理店はコメント追記しています。

インドネシア行き航空券、ツアー手配

海外旅行はエイチ・アイ・エス
格安航空券販売から出発した旅行代理店。現地支店は、日本語が通じるので便利。
DeNAトラベル(旧スカイゲート)
格安航空券のみ、ホテルのみ等を別に手配したいときに。空席情報が見やすいので結構よく使う。
JTB近畿日本ツーリスト 海外ツアー日本旅行
日本の最大手旅行代理店。質のいいツアーに参加したいなら大手代理店がおすすめ。
JALパック 海外ツアー
機内でも日本語で安心。ツアープレミアム会員ならマイルも2倍溜まってお得。
ANA SKY WEB TOUR アジアリゾートへの旅
バリはガルーダインドネシア航空とのコードシェア便。ANAのマイルを集めている場合はこちらがお得。
エアアジア航空券にホテルをプラス - AirAsiaGo (エアアジア・ゴー)
格安航空会社のエアアジアを使った格安ツアーが売り。旅費を極力抑えたい場合に便利。
ジェットスター航空で行く★お得な海外ツアー
ジェットスター航空を使った海外ツアー。インドネシア方面は今のところないができたら重宝するかも。
エイビーロード
自社サイトを持てない小さいところを探すのに便利。マニアックな旅行代理店ほど現地情報に詳しいです。

ホテル手配専門

*Agoda.jp(アゴダ)
タイにある格安ホテル・ネット予約専門会社。取り扱い数が多く、24時間オンライン上での予約が可能。ベスト価格保証をしていて他社より高いと、同じ価格もしくは更に安い価格を提供してくれるので安心。日本人スタッフによる日本語でのカスタマーサービスも充実している。
ホテルトラベルドットコム
agodaと同じくタイ発祥のホテル予約サイト。高級ホテルから安宿まで幅広く予約可能。インドのネット専業旅行会社のMake My Trip傘下なのでインドにも強い。
Hotels.comエクスペディア-世界最大級のホテル予約サイト
アメリカ資本なのでアジアは弱いが最安値保証があるのでジャカルタなどの都市では使うのも有り。
【Booking.com】世界のホテル割引予約
オランダ系。インドネシアは元オランダ領だがそれによる利点は特にない。他と変わりません。
じゃらん 海外ホテル予約
日本の宿泊施設だけでなく海外も力を入れ始めました。インドネシアも主要都市なら使えます。
楽天トラベル 海外予約
日本人がよく行く都市は日本人のスタイルに合わせたプランがあったりしてわりと使える。
JHCアップルワールド
昔からある日本のホテルクーポンサイトなのでサービスに安心感がある。
access bali online
バリの代理店のホテル予約サイト。小さなロスメンまで予約できるが、質問してもそれには全く答えずに機械的な返信しか送ってこないところが気分が悪かった。大手サイトで予約ができない宿のみここを利用した。

インドネシア各地にある旅行代理店 [現地発着ツアー、国内線、ホテル手配他]

ジャワ島・ジャカルタ

Raja Wisata[英語]
ジャカルタにある旅行代理店。問合せに関する対応が割と迅速。現地ツアーや航空券の手配に。
ペリカン旅行 ジャカルタ支店
日本語が通じるので少し高め。メジャー観光地へのホテルやオプショナルツアー手配に便利。
ウェンディツアージャカルタ
東南アジア各地にある日系旅行代理店。日本語で現地ツアーに参加したいときなどに重宝します。

バリ島

゜:*★バリ島のオプショナルツアー予約VELTRA★*:°
日本にいながら旅行先のオプショナルツアーを事前に手配できるのが便利。旅先で効率よく動けます。
BeMyGuestアジアオプショナルツアー最低価格で検索 [英語]
バリ島のオプショナルツアーが豊富だが、英語表記なのでせめて自動翻訳機能をつけるとよいと思う。
PT.楽園バリツアー&トラベル [バリ現地オプショナルツアー]
バリのことならお任せ。もっと楽しく・もっと安全にをモットーに皆様に楽園の島バリ島を手配。
Go!Go!バリ
インターネット専業バリ旅行代理店。割と有名で利用者も多いサイト。以前、航空券手配で利用。
バリトラベランド
インドネシア バリ島の現地代理店。オプショナルツアー、エステなどの申し込みにどうぞ。
H.I.S.バリ島支店
海外旅行はエイチ・アイ・エスのバリ支店。現地に入ってからオプショナルツアーを頼んだりできて便利。

スラウェシ島

カンプンエクスペディションズ
スラウェシ島やマルク諸島などインドネシア東部の旅の手配が得意な旅行代理店(マカッサルに本社あり)。アンボンからバンダ島行きの航空券とホテルの手配を依頼。対応が丁寧で親切だったが、2015年に再度手配依頼をしたところ、対応が日本人ではなくなりスムーズな意思疎通がはかれず。結果的に行き先を変えて自分で手配した。

インドネシア国内移動

飛行機

ガルーダインドネシア航空
インドネシア国内線の手配でしばしばオンラインブッキングを利用する。マイルが溜まりやすいのでガルーダを使ってしょっちゅうインドネシアに行く人はマイレージカードを作ると良いです。そうでない人はANAがコードシェアしてますのでANAにマイルをつけましょう。
ライオン航空
インドネシアのLCC。ガルーダよりも安価な値段で飛行機に乗れます。東南アジア圏内に国際線も有り。
シティリンク
インドネシア中部~西部を中心に運航しているLCC。
エアアジア
マレーシアを中心に東南アジア各地を結ぶLCC。大手が参入しない僻地への旅の時に便利。
日本からも就航はしているが積極的に選ぶかと言えば選ばない。国際線の乗り継ぎ利用は注意が必要です。

ペルニ社
インドネシアの大型フェリー会社。2週間ごとの運行の上、荷揚げの都合などでしばしば運行が変更されるので短期旅行者は使いにくい。時間に余裕があれば離島間移動に有効活用できます。

バス

プラマ社
バリ島の各都市間を結ぶシャトルバス会社のページ(英語表記)。ロンボク島へも船+バスでつなぎます。

プライベートカー

Tirta Aswan Bali
バリは一部の繁華街、リゾート周辺を除くと交通が不便なので車をチャーターしての観光が便利です。
問い合わせの対応も迅速で安価でお薦め。運転手付きレンタカーを手配しました。

情報収集に役立つサイト

インドネシア総合

Visit Indonesia
インドネシア共和国文化観光省の公式ページ。ビザなど、インドネシア渡航前に一般情報を調べるのに便利。
インドネシア専科
インドネシア、マレーシアの歴史や日本との関わりなどが細かく調べてあり、これらの国について知りたいと思ったときに大変役に立ちます。
インドネシア文化宮(GBI-Tokyo)
インドネシアの24時間ニューステレビ局『METRO TV』東京支局がプロデュースするインドネシア情報。
旅行のクチコミサイト フォートラベル
旅好きが立ち上げた口コミサイト。日本語で日本人の感覚で書かれた情報が得られて重宝します。
日本人があまり行かないマニアックな地域への情報は少なめですが、会員登録制で割と相手の顔が見えるので、Q&Aを使って質問すると親切に回答をくれる同胞が多い。
トリップアドバイザー
アメリカ系の口コミサイト。口コミの数も多いが外国人利用者がほとんど。翻訳もできるけど見にくい。
ロンプラにしか掲載されていないような地域の口コミを知りたいときには多少参考になります。

ジャワ島

じゃかるた新聞
インドネシアの日刊新聞。日々のインドネシアの情報を日本語で得るのに便利。
じゃかナビ
ジャカルタ、インドネシアの生活情報サイト

バリ島

サヌール(SANUR)情報ガイド
バリ島で最初に観光地開発された街サヌールをホテル・レストラン・ワルンを中心に紹介しています。

スラウェシ島

スラウェシ島マナドの情報ページ ニウル・ムランバイ
マナド(メナド)、ブナケン国立公園、レンべ海峡、ビトゥン、タンココ自然保護区、ミナハサ高原のローカル情報&旅行情報。構成が秀逸でマナドの情報を得るのに大変便利です。
スラウェシ島情報マガジン
ダイビングやタナトラジャ観光で有名なスラウェシ島の情報サイト。歴史・文化的背景を紹介した記事もとても多く得られる知識が半端ない。
NPO 特定非営利活動法人 マナドネットジャパン
北スラウェシへの支援を目的にした団体。マナドのある北スラウェシやマルク諸島と日本の歴史的関わりなどの情報がえられる。

マルク諸島

east-indonesia.info [英語]
マルク諸島やパプア島など、日本のガイドブックではあまり紹介されていない東インドネシアの観光情報が満載。ロンプラよりも役に立った。
coaster cottage[英語]
ケイ島にあるコテージの公式サイト。島内の移動手段などの情報も丁寧に解説されていて便利。

スマトラ島

Sumatra Eco Tourism [英語]
インドネシアのスマトラ島の旅行情報。ガイドブックに情報が少ない地域なので重宝します。
ルンバルンバダイブセンター
インドネシアのスマトラ島の北にあるウェー島のダイブショップ兼宿。